신 전 위원의 혐의는 ‘군에 대한 명예훼손’이다. 그가 “합조단이 특정 결론(북한 어뢰에 의한 피격)을 내려놓고 무리하게 조사를 끌어갔다”라고 주장하거나 ‘1번 어뢰’에 대한 의혹을 제기함으로써 군의 명예를 심각하게 훼손했다는 것이다. 더 용서할 수 없는 것은 검찰 조사 중에도 계속 이러한 ‘허위 사실’을 주장하고 다녀 죄질이 매우 나쁘다고 한다. 그러나 신 전 위원은 군의 명예를 훼손한 것은 오히려 합조단이라고 말한다. “대한민국 해군은 북한의 해군에게 패배한 적이 없다. 우리 해군이 북한 군에게 당했다는 ‘허위 사실’을 유포해 군의 명예를 실추시킨 것은 오히려 합조단이다.”

신 전 위원은 자신이 불기소될 경우 민군합동조사단장 등을 고소·고발하려 했다고 한다. 피고가 아니라면 원고 신분으로라도 천안함 문제를 법정으로 가져가고 싶었다. “정치적 고려 없이 논리적으로 사실을 따질 수 있는 최후 방어선이 사법부라고 생각한다. 재판을 통해 명명백백하게 진실을 드러낼 수 있기를 기대한다.”