조합론자들은 건강보험조합을 통합하면 재정적자 따위 문제가 발생할 경우 정부 책임으로 전가된다고 주장한다. 또 소득 파악률이 낮은 자영업자와 소득 노출도가 높은 봉급생활자를 하나로 묶으면 봉급생활자가 손해를 보게 된다고 주장했다. 소득 재분배는 건강보험이 아니라 조세정책을 통해 이루어져야 하고, 조합 방식이 재정 누수를 조합원들의 감시를 통해 막을 수 있다는 논리를 내세우며 조합체제 유지를 주장했다.

반면 통합론자들은 관리 운영과 재정을 하나로 통합해야만 사회보장의 기본 이념인 소득 재분배를 달성하고 보장성을 높일 수 있다고 주장했다. 또 조합 방식은 관리운영비의 불필요한 지출을 가져오기 때문에 통합 방식으로 전환할 것을 요구했다.

김영삼 정부 때는 관료 사이에 조합론이 주를 이루었다. 반면 김대중 정부 때는 노동·농민·시민단체들이 연대체를 구성해 통합을 주장했다.

통합을 결정하면서 직장의료보험조합이 헌법소원을 제기하는 등 반발이 상당히 거셌다. 당시 수백 개로 쪼개진 조합은 그 자체로 거대한 ‘이권 덩어리’였다. 조합장 수백 명과 이사 수천 명이 있었다. 조합의 적립금은 해당 기업이 종잣돈처럼 사용하기도 했다. 통합을 하면서 이런 이권이 사라지는 것도 건보 통합에 저항이 컸던 중요 이유였다.

참고로 2010년 건강보험 가입자는 4891만명. 직장 가입자가 3238만명(66.2%), 지역 가입자가 1652만명(33.8%)이다. 2001년에는 직장 가입자와 지역 가입자가 5대5 수준이었다. 제도 변경으로 기존 지역 가입자가 직장 가입자 쪽으로 상당히 이동한 상황이다. 그리고 한국조세연구원 자료에 따르면, 자영업자 소득 파악률은 1999년 39.3%에서 2008년 62.5%로 높아졌다. 현금영수증제, 신용카드 소득공제 등을 실시하면서 자영업자들에 대한 소득 파악률이 상승했다.