5년 가까이 표류하던 제주 해군기지 건설은 2007년 제주 강정마을의 일부 주민이 유치에 관심을 표명하면서 새 국면을 맞는다. 같은 해 제주도는 강정마을을 해군기지 대상지로 선정했다. 

제주 해군기지에 민군복합형 관광미항이란 새로운 이름이 붙은 것은 2008년이다. 2007년 12월28일 국회는 제주 해군기지 예산 174억원을 승인하면서 ‘제주 해군기지 사업예산은 크루즈 선박 공동 활용 예비타당성 조사 및 연구 용역을 거쳐 집행한다’라는 조건을 덧붙였다. 해군기지가 아니라 크루즈 선박 공동 활용이 가능한 항만으로 성격이 크게 달라졌음을 의미한다. 이 대통령은 대선 당시 공약에서 ‘서귀포에 15만t 크루즈의 접안이 가능하게 만들겠다’고 약속했다. 그러나 정부와 해군이 군항 기능에만 무게를 둔 것 아니냐는 의심이 끊임없이 제기됐다. 제주도가 ‘기존 설계로는 15만t급 크루즈가 드나들 수 없다’는 자체 연구 결과를 제시했지만, 정부는 상반된 내용의 시뮬레이션 결과를 제시하며 기존 방침대로 건설하겠다는 것을 재확인했다. 박원철 제주도의회 민주통합당 원내대표는 “지자체의 의견을 중앙정부가 묵살했을 때의 해결 방법을 알아보고 있다”라고 말했다.