최순실씨의 딸 정 아무개씨가 이화여대 체육과학부 입학 전형을 치르던 2014년 10월, 남궁 입학처장이 “금메달을 가져온 학생을 뽑으라”고 평가 담당 교수에게 지시했다는 주장이 나왔다. 입학 과정이 공정하지 않았다는 의혹이다. 10월11일 이화여대 교수협의회 홈페이지 자유게시판에서 당시 입시 평가에 참여한 일원이라 밝힌 한 교수는 “입시생 중 정양이 특이하게 금메달과 선수복을 지참했음. 처장의 발언이 영향 없었다고는 말 못함”이라고 남겼다.

정씨는 입학 과정뿐만 아니라 재학 과정에서도 특혜를 받았다는 의혹이 터져 나왔다. 김병욱 더불어민주당 의원이 이화여대에서 제출받아 10월13일 공개한 자료에 따르면, 정씨는 올해 1학기 ‘운동생리학’ 수업에 불참한다는 공문서를 제출하지 않았는데도 출석을 인정받았다. 이는 이화여대 학사관리 내규지침에 반한다. 또 ‘코칭론’ 수업에 제출한 맞춤법이 틀린 정씨의 리포트에 대해서도 담당 교수는 “네, 잘하셨네요” “앗 첨부가 되지 않았습니다”와 같은 표현을 썼다.

10월14일 열린 국회 교육문화체육관광위원회 국정감사에서 이준식 사회부총리 겸 교육부 장관은 정씨를 둘러싼 특혜 의혹에 대해 조사하겠다고 답했다. 이화여대 총학생회도 10월17일 규탄 기자회견을 열었다.