육영재단이 박 전 대통령 삼 남매 분쟁의 씨앗이 된 것은 육 여사 사망 이후부터다. 1982년 장녀 박근혜씨(현 새누리당 비대위원장)가 이사장을 맡아오다, 1990년 차녀 박근령씨와 운영권 다툼을 벌였다. 박근령씨는 박 위원장의 측근인 최태민 목사가 육영재단 이사로서 전횡을 저질렀다며 문제를 제기했다. 이후 박 위원장은 이사장직을 내놓았고 박근령씨가 새 이사장으로 취임했다.

하지만 ‘박근령 체제’도 삐거덕거렸다. 육영재단을 관할하는 서울 성동교육청은 2001년 박근령 이사장에게 이사취임승인 취소 처분을 내렸다. 이에 반발한 박 이사장은 무효 소송을 걸었지만, 2008년 대법원에서 기각당해 이사장 자리에서 물러나야 했다. 그 사이 육영재단을 둘러싼 폭력 사건이 일어나기도 했다. 박지만 회장의 비서실장 정 아무개씨 등이 용역을 동원해 육영재단에 들어서자, 박근령씨 쪽도 이에 맞섰다. 현재 육영재단은 2008년 법원의 결정에 따라 박지만 회장이 추천한 임시이사 9명이 운영한다.